Nemocnica s poliklinikou Prievidza začala v júni 2005 zavádzať pod odborným dohľadom firmy EMARK Bratislava systém manažmentu kvality (SMK). Certifikačná autorita Certikom v certifikačnom audite uznala zavedený SMK za funkčný a 28.6.2007 udelila NsP Prievidza certifikát kvality podľa normy ISO 9001:2000.
V septembri 2018 naša organizácia úspešne re-certifikovala na nové požiadavky normy ISO 9001:2015 na Systém manažérstva kvality. Audit prebehol pod vedením certifikačnej spoločnosti LL-C (Certification) Czech Republic a.s.. Nemocnica tak opätovne potvrdila primeranosť, trvalú vhodnosť a efektívnosť zavedeného systému manažérstva kvality, podľa požiadaviek medzinárodného štandardu, za účelom zvyšovania kvality poskytovaných služieb a zvyšovania spokojnosti všetkých jej klientov.
Laboratória oddelenia klinickej biochémie a hematologické laboratórium vykonávajú externú kontrolu kvality s pomocou českej spoločnosti SEKK Pardubice. Oddelenie klinickej mikrobiológie vykonáva externú kontrolu kvality cez Národné referenčné centrum pre sledovanie rezistencie mikroorganizmov ÚVZ Bratislava.